Olemme aiemmin havainneet, että munuaisiin infiltroivat T-solut (KIT) hiiren lupusnefriitissä (LN) muistuttivattoimimattomat T-solut, jotka tunkeutuvat kasvaimiin. Tämä odottamaton löytö herätti kysymyksen kuinkasovittaa yhteen KIT:ien "uupunut" fenotyyppi ja jatkuva kudostuho LN:ssä. Osoitteeseentässä suoritimme KIT:ien yksisoluisen RNA-Seq:n ja TCR-Seq:n hiiren lupusmalleissa. Löysimmetuo CD8plusKIT:t olivat ensin siirtymävaiheessa, ennen kuin ne laajenivat kloonisesti ja kehittyivät kohtiuupumusta. Toisaalta CD4plusKIT:t eivät sopineet nykyisiin erilaistumisparadigmoihinmutta se sisälsi sekä hypoksisia että sytotoksisia alaryhmiä, joilla oli läpitunkeva uupumus. Täten,autoimmuuninen nefriitti on toisin kuin akuutti patogeeni-immuniteetti; pikemminkin munuaisten mikroympäristösuppressoi T-soluja indusoimalla asteittain uupuneita tiloja. Tuloksemme viittaavat siihen, että LN, akrooninen sairaus, johtuu toimintahäiriöiden T-solujen ja niiden aiheuttamien vaurioiden hitaasta kehittymisestäesiasteita matkalla uupumukseen. Näillä löydöillä on vaikutuksia sekä autoimmuniteettiin ettäkasvainimmunologia.

Asiaankuuluvien tutkimusten mukaan cistanche on perinteinen kiinalainen yrtti, jota on käytetty vuosisatojen ajan erilaisten sairauksien hoitoon. Sillä on tieteellisesti todistettu olevan anti-inflammatorisia, ikääntymistä estäviä ja antioksidanttisia ominaisuuksia. Tutkimukset ovat osoittaneet, että cistanche on hyödyllinen potilaille, jotka kärsivät munuaissairaudesta. Cistanchen aktiivisten aineiden tiedetään vähentävän tulehdusta, parantavan munuaisten toimintaa ja palauttavan heikentyneet munuaissolut. Siten cistanchen integroiminen munuaissairauden hoitosuunnitelmaan voi tarjota potilaille suuria etuja tilansa hallinnassa. Cistanche auttaa vähentämään proteinuriaa, alentaa BUN- ja kreatiniinitasoja ja vähentää munuaisvaurioiden riskiä. Lisäksi cistanche auttaa myös alentamaan kolesteroli- ja triglyseriditasoja, jotka voivat olla vaarallisia potilaille, jotka kärsivät munuaissairaudesta.

Napsauta tästä nähdäksesi Cistanche for Kidney taudin tuotteet

【Lisätietoja: david.deng@wecistanche.com / WhatApp:86 13632399501】

Johdanto

Oletettavasti patogeenisten T-solujen infiltraatio kiinteisiin elimiin on yleinen piirre monissa autoimmuunisairauksissa ja elinsiirteen hylkimisreaktiossa. Nämä patogeeniset tapahtumat ovat histologisesti ja käsitteellisesti rinnakkaisia ​​kasvainten T-solujen infiltraatioon, mikä voi johtaa kasvainsolujen tuhoutumiseen. Kuitenkin, toisin kuin hyvin tutkitut kasvaimeen infiltroivat lymfosyyttejä (TIL:t), kudokseen infiltroivat T-solut, jotka välittävät sairautta autoimmuniteetissa, ovat saaneet paljon vähemmän huomiota. Nykyään on yleisesti hyväksytty, että kasvaimen mikroympäristö toimii estämään immuunivasteita ja indusoimaan T-solujen uupumusta (1–3), kun taas autoimmuniteetissa yleisesti ajatellaan, että patogeeniset T-solut tuhoavat aktiivisesti normaaleja kudoksia esteettömästi, koska ei-pahanlaatuiset kudokset eivät voi kehittää vastustuskykyä. Tutkiaksemme autoimmuuni-infiltraattien luonnetta olemme päättäneet tutkia lupus nefriittiä (LN), koska munuaiset ovat keskeinen kohde tässä autoimmuunisairaudessa. T-soluista riippuvainen interstitiaalinen nefriitti on lupuksen elinten vajaatoiminnan tärkein prognostinen indikaattori (4, 5).

Viimeaikainen työmme, joka osoittaa, että munuaisiin infiltroivat T-solut (KIT) ovat toiminnallisesti ja transkriptionaalisesti loppuun kuluneet (6) - aivan kuten TIL:t tai CD8 plus T-solut kroonisen virusinfektion jälkeen - haastaa 2 paradigmaa. Ensinnäkin se vastustaa ajatusta, että parenkymaalisen kudoksen autoimmuunituho on suora efektoriprosessi, joka on samanlainen kuin vaste viruksen infektoituneille soluille. Sen sijaan joissakin kudoksissa voi olla luonnollisia itsesäilytysmekanismeja, jotka säätelevät tai tukahduttavat tunkeutuvia T-soluja, mikä voi estää tai heikentää autoimmuniteettia. Toiseksi se viittaa siihen, että kasvaimet eivät kehitä de novo -reittejä säätelemään T-soluja negatiivisesti. Sen sijaan tällaiset reitit voivat olla luontaisia ​​tietyille parenkymaalisille kudoksille, ja kasvaimet voivat vahvistaa niitä tai yksinkertaisesti ilmentää niitä luonnollisesti.

Havainto, että munuaiset ja kenties muut kudokset voivat tukahduttaa tunkeutuvia T-soluja, nosti esiin tärkeän kysymyksen: Jos KIT:t ovat toiminnallisesti ja transkriptionaalisesti inerttejä tai loppuun kuluneita, niin millä mekanismeilla kudosvaurio etenee? Yksi hypoteesi tähän kysymykseen on se, että uupuneita soluja pidetään paremminkin toimintahäiriöinä – pikemminkin kuin ei-toimivina – ja että ne voivat hitaasti aiheuttaa kudosvaurioita jäännösefektoritoiminnasta, aivan kuten kroonisen infektion loppuun kuluneet T-solut suojaavat aggressiivisemmilta infektio (7, 8). Toinen, ei-poissulkeva selitys on, että itsereaktiiviset T-solut säilyttävät vaikutuksensa toimiakseen saapuessaan munuaiseen, mutta ne muuttuvat asteittain vähemmän toimiviksi kudoksen mikroympäristön vaikutuksesta. Tässä näkemyksessä tietyn T-soluklonotyypin vaurioita aiheutetaan aluksi suuremmassa määrin ja sitten lievennetään uupumusohjelmalla. Krooninen sairaus voitaisiin ylläpitää rekrytoimalla jatkuvasti uusia klooneja, jotka ovat alun perin toimivampia.

Näiden mekanismien tutkimiseksi on tarpeen selvittää intraparenkymaalisten autoimmuunivasteiden luonne syvemmin. Tällaisen työn tulos – vahinkoa aiheuttavien T-solujen luonteen ymmärtäminen – voisi paljastaa tapoja kohdistaa ne spesifisesti esimerkiksi niiden metabolisen tilan tai pintafenotyypin perusteella. Lisäksi tällaiset tiedot voivat paljastaa taudin aiheuttajia ja tarjota työkaluja potilaiden osittamiseen – kaksi tärkeää ongelmaa lupuksessa, jonka ilmenemismuoto on tunnetusti heterogeeninen (9, 10). Lisäksi tällaiset oivallukset pätevät todennäköisesti muihin kohde-elimiin ja sairausympäristöihin.

On kuitenkin poikkeuksellisen haastavaa käsitellä näitä kysymyksiä ihmisen LN:ssä, koska saatavilla on niukkuutta saatavilla olevasta kudoksesta, joka voidaan saada vain ylimääräisellä neulabiopsian "tutkimuspassilla". Äskettäinen konsortiotutkimus, vaikkakin sankarillinen, onnistui todellakin arvioimaan vain noin 1000 yksittäistä solua RNA-Seq:n avulla kaikista potilaista (11). Lisäksi lähes kaikki nämä potilaat olivat hoidossa, joka oli suunniteltu erityisesti vaikuttamaan näihin samoihin soluihin, mikä vaikeuttaa suuresti tulkintaa.

Tästä syystä olemme käyttäneet täällä hiiren lupusmalleja, jotka antavat meille pääsyn kudokseen ilman erilaisten hoitojen komplikaatioita. Olemme käyttäneet yksisoluista RNA-Seq:ää (scRNA-Seq) tunnistaaksemme yllättävän heterogeenisyyden sekä CD4 plus että CD8 plus KIT:ien välillä, mikä viittaa dynaamisempaan kohde-elinvaurion prosessiin kuin oli epäilty. Erityisesti CD8-osaston sisällä tunnistettiin suuri joukko "siirtymäsoluja", jotka säilyttivät osittaisen aktivaation ja efektoritoiminnon ja joiden ennustettiin kehittyvän sekä uupuneiksi soluiksi että pysyvästi muistisoluiksi, jotka kaikki tunnistettiin myös KIT:ien joukosta. Sen sijaan CD4 plus -solut, kiehtovalla tavalla, eivät sopineet olemassa oleviin Th-paradigmoihin, vaan sisälsivät sytotoksisen klusterin sekä osoittivat leviävän uupuneen fenotyypin. Lisäksi TCR-Seqiä käyttämällä pystyimme yhdistämään erilaisia ​​KIT-klustereita, mikä hahmotteli klonotyyppien pakottavaa progressiivista kehitystä munuaisissa. Tämä työ paljastaa tunkeutuvien T-solujen ja lupuksen kohdeelimen parenkyymin välisten vuorovaikutusten maiseman ja ehdottaa dynaamista mallia siitä, kuinka nefriitti kehittyy krooniseksi sairaudeksi. Nämä oivallukset voivat tarjota uusia strategioita prosessin keskeyttämiseksi.

Tulokset

Kokeellinen suunnittelu. Loimme 3 kohorttia käsittelemään T-solujen uudelleenohjelmointia kudosinfiltraation jälkeen hiiren LN:ssä käyttämällä 10x Genomics scRNA-Seq -alustaa ja hashtag-oligonukleotidi (HTO) -dekonvoluutiotekniikkaa (kuva 1A). Alkuperäisessä kohortissa (Main-Seq) vertailimme pernan T-soluja ja KIT-soluja vanhoista lupukseen alttiista nefriittisistä MRL/lpr-hiiristä sekä "naiiveja" T-soluja ei-lupukselle alttiista B6-hiiristä. Toisessa kohortissa keskityimme MRL/lpr-hiirten KIT:eihin ja arvioimme lisäksi KIT TCR -valikoimaa (MRL-TCR – Seq). Lopuksi kolmannessa kohortissa suoritimme samanlaisen KIT-analyysin kuin kohortissa 2 käyttämällä LN:n Fc R2B–/–.Yaa-mallia (Yaa-TCR–Seq).

T-solut klusterit alkuperän, autoreaktiivisen tilan ja CD4/8-fenotyypin perusteella. Kaikkien Main-Seq-kohortin T-solujen matalaresoluutioinen transkriptipohjainen klusterointi Seuratin (12) avulla tunnisti 14 klusteria (kuva 1B). HTO-dekonvoluutio rajasi solut T-solutyypin (eli CD4 ja CD8), alkuperäelimen (munuainen vs. perna) ja mahdollisen autoreaktiivisen tilan (B6 vs. lupukseen taipuvaiset hiiret, kuvio 1C) perusteella. Kaikki 3 MRL/lpr-hiirtä osallistuivat kuhunkin määriteltyyn populaatioon, eikä mikään populaatio ollut tietyn luovuttajan ohjaama (lisäkuva 1; lisämateriaalia saatavilla verkossa tämän artikkelin yhteydessä; https://doi.org/10.1172/jci. insight.156048DS1) . Vaikka CD4 plus ja CD8 plus T-solut ei-autoimmuunihiiristä olivat suhteellisen yhtenäisiä, CD4 plus ja CD8 plus T-solut sairaista hiiristä osoittivat huomattavaa heterogeenisyyttä (kuviot 1, B ja C).

CD4- ja T-solujen heterogeenisyys ja mahdolliset toiminnot hiiren lupuksessa. Korkean resoluution klusterointi tuotti 13 CD4- ja T-soluklusteria (kuvio 2A). HTO-ohjattu dekonvoluutio korosti munuaisperäisten ja pernaperäisten T-solujen erottamista MRL/lpr-hiiristä, kun taas CD4 plus T-solut B6-hiiristä putosivat pääasiassa 2 klusteriin (5 ja 11) (kuvio 2A, oikea paneeli). Tunnistamalla erilaisesti ekspressoituneet geenit (DEG:t) kussakin klusterissa (täydentävä kuva 2), yritimme määrittää spesifisiä fenotyyppisiä alatyyppejä jokaiselle CD4 plus -klusterille. Tätä lähestymistapaa käyttämällä vain 2 CD4- ja T-soluklustereista sovitettiin helposti tavanomaisiin T-solufenotyyppeihin: klusteri 6 edusti Tregejä, kun taas klusteri 12 esitti tyypin I IFN-allekirjoituksen (IFNhi).

Tämän jälkeen tutkimme TF-ilmentymistä ja kanonisia T-solugeenin ilmentymisen allekirjoituksen rikastuspeittoja hyvin kuvatuille CD4- ja T-solufenotyypeille, mukaan lukien Treg, Th1, Th2, T-follikulaarinen auttaja (Tfh) ja Th17 (katso geeniluettelot täydentävästä taulukosta 1) ( 13–23). Kuten odotettiin, oletettu Treg-klusteri osoitti voimakkaita Tregiin liittyviä geenien allekirjoituksia ja ekspressoi Foxp3:a (kuvio 2B). Th1-allekirjoitus liitettiin klustereihin 1, 4 ja 8, ja Tbet ilmaistiin samanlaisessa jakaumassa (kuvio 2C). Vahvempi Th2-geenin allekirjoitus ja Gata3-ekspressio havaittiin myös munuaisten hallitsevissa klustereissa 1, 4, 8 ja 10, mikä viittaa Th1- ja Th2-fenotyypin yhteisilmentymiseen ilman selkeää rajaa kahden linjan välillä (kuva 2, C ja D). ). Useat raportit ovat ehdottaneet Th17:n roolia LN:ssä; Samalla tavalla kuin Accelerating Medicines Partnership in SLE -verkoston (AMP-konsortio) (11) tutkimissa ihmisen munuaistulehdusnäytteissä (11), merkittävää Th17-profiilia ei havaittu geenin allekirjoituksen tai Rorc-ilmentymisen perusteella missään osastossa (täydentävä kuva 3, A ja B ). Harvat solut osoittivat joko Tfh:hen liittyvää geenisignatuuria tai Bcl6:n ilmentymistä, mikä on yhdenmukainen raporttien kanssa muutamasta itukeskuksesta MRL/lpr-pernoissa (24) (täydentävä kuva 3C). Lopuksi klusteri 7 edusti luultavasti keskusmuistin T-soluosastoa (TCM) ja klusteri 5 edusti naiiveja T-soluja (lisäkuvat 3, D ja E).

Tunnistamme useita TF:itä, joiden motiivit rikastuivat tiettyjen klustereiden DEG:ien joukossa käyttämällä SCENIC-algoritmia. Vaikka tyypin I IFN-klusteri (klusteri 12) osoittaa todisteita IRF1-, IRF7-, IRF9- ja STAT2-säätelystä (25) (kuva 3A), emme yleensä löytäneet ainutlaatuisia TF-assosiaatioita tietyistä klustereista. Kuitenkin hierarkkinen klusterianalyysi TF:stä ehdotti transkriptioorganisaatiota alkuperäelimen tai autoimmuniteetin läsnäolon perusteella. Munuaisspesifinen vaikutus oli siinä, että lukuisat TF-sitoutumisaiheet (mukaan lukien HIF1, TGIF2, CREM, JUN ja FOS) rikastuivat suurimmassa osassa KIT:itä klusterista riippumatta; useat näistä TF:istä olivat myös itse transkriptionaalisesti ylössäädeltyjä, mukaan lukien Crem ja Hif1, jotka on aiemmin liitetty kudosten residenssiin ja vastaavasti hypoksiaan (18, 26, 27) (kuvio 3B). Hif1-ilmentymisen ja transkription aktiivisuuden mukaan viimeaikainen työ kuvasi hypoksiageenin ilmentymisprofiilin MRL/lpr-hiiristä eristettyjen KIT:ien massa-RNA-Seq:ssä (18). Samoin havaitsimme, että osa KIT:istä ilmensi hypoksiaprofiilia, erityisesti klustereissa 1, 4, 8 ja 10 sekä KIT Treg -populaatiossa (kuva 4A).

Ottaen huomioon aikaisemman työmme havainnot, jotka viittaavat KIT:n loppuun, arvioimme loppuunpääsyn allekirjoituksen (6), joka näytti rikastuneen CD4 plus KIT:ien joukossa yhteensä (kuva 4, A ja B). Useiden klustereiden uupumustunnisteet olivat korkeammat kuin CD4 plus B6 pernan T-solujen määrittelemä perusviiva, ja klusterit 0, 4, 8, 10 ja 9 osoittivat korkeimmat pisteet (kuva 4B). Nämä klusterit koostuivat pääasiassa KIT:istä, paitsi klusteri 9, joka koostui sekä KIT:istä että pernan T-soluista MRL/lpr-hiiristä; kuitenkin jopa klusterissa 9 uupuneemmat solut olivat munuaisperäisiä (kuvio 4B). Tästä syystä huolimatta CD4 plus KIT:ien heterogeenisyydestä, uupumiseen liittyvää geeniekspressiota esiintyy useiden T-soluklustereiden transkriptomeissa.

Koska sytotoksisia CD4- ja T-soluja on raportoitu ikääntyessä, (13) kasvaininfiltraateissa (28) ja systeemisessä skleroosissa (29), arvioimme, havaittiinko sytotoksisia geenimerkkejä KIT:issä. Todellakin, osa sekä pernasta että munuaisista peräisin olevista T-soluista MRL/lpr-hiiristä, jotka käsittivät klusterit 0, 2 ja 9, ilmensivät sytotoksisen geenin allekirjoitusta (kuvio 4A). Mielenkiintoista on, että KIT-klusterit ilmensivät yleensä joko hypoksista profiilia tai sytotoksisen geenin allekirjoitusta, mutta eivät molempia.

Rata-analyysi tunnistaa CD4 plus T-solujen kehityksen etenemisen. Klusterigeenien allekirjoitusten analyysin perusteella oletimme, että eteneminen on naiiveista perifeerisiin efektori/sytotoksisiin T-soluihin, jotka sitten tunkeutuvat munuaiseen, jossa ne ensin ilmentävät sytotoksista ohjelmaa, jota seuraa hypoksiavaste, johon liittyy uupumus/häiriö. Tämän mallin arvioimiseksi loimme linjan etenemisanalyysin käyttämällä Monocle3:a, joka integroi ajallisen geeniekspression (kuva 4C). HTO-peittokuvat Monocle3:n pseudoaikaradalla (kuvio 4C) osoittivat, että linjan alkuperä esiintyy B6-naiivilla klusterilla; sitten ohjelma olettaa Treg-klusterin varhaista haarautumista sekä etenemistä aktivoituneiden lupukseen taipuvien pernasolujen läpi ja lopuksi munuaisiin infiltroiviin soluihin. Tässä mallissa näyttää siltä, ​​että naiivit T-solut siirtyvät "autoimmuuni/sytotoksiseen vaiheeseen" juuri ennen munuaisten infiltraatiota tai rinnakkain sen kanssa, kuten oletettiin, ja lopulta etenevät hypoksiseen/dysfunktionaaliseen tilaan (kuvio 4D).

KIT Tregs ilmaisee kudoksessa esiintyviä markkereita. Kudosten uudelleenohjelmoinnin riippumattoman vaikutuksen arvioimiseksi T-solufenotyyppiin arvioimme tarkemmin Treg-populaatiota (klusteri 6), koska tämä klusteri koostui kaikista kolmesta alkuperästä peräisin olevista soluista. Uudelleenryhmittymisen yhteydessä KIT Tregit kartoitettiin erikseen joko B6- tai autoimmuunialkuperää olevista pernan Tregeistä (kuvio 5, A ja B). Tulivuorikaavio (kuva 5C) paljasti useita DEG-arvoja perifeeristen ja munuaisten Tregien välillä, jotka olivat enimmäkseen munuaisissa ylössäädeltyjä, mikä viittaa siihen, että kudosten oleskelu aiheutti ylimääräisen transkriptioohjelman. Nämä DEG:t sisälsivät Crem ja Klf6, TF:t, jotka aiemmin liittyivät CD4- ja KIT-fenotyyppeihin TF-kartoituksessamme (kuva 3B). Mielenkiintoista on, että geenit, jotka on aiemmin tunnistettu kudoksissa asuvissa Tregeissä verrattuna lymfaattisiin Tregiin, olivat samalla tavoin transkriptionaalisesti ylössäädeltyjä KIT Tregeissä, mukaan lukien Crem, Rgs1, Rgs2, Id2, Ctla4 ja Areg (kuva 5C, korostettu vaaleanpunaisella) (30).

CD8 plus KIT:t osoittavat heterogeenisyyttä kudosinfiltraation jälkeen. CD8 plus T-solut (Main-Seqistä) analysoitiin kuten tehtiin CD4 plus -populaatiolle, jolloin saatiin 9 klusteria, jotka erottuivat HTO:n perusteella (kuvio 6, A ja B). Voisimme tunnistaa useimmat näistä klustereista kunkin DEG:n perusteella (kuva 6C). Suurin osa pernan T-soluista ryhmittyi UMAP:n oikealle puolelle, ja klusteri 4 koostui pääasiassa B6-pernan T-soluista ja klusteri 0 edustaa suurinta osaa MRL/lpr-pernan T-soluista ja viittaa TCM-fenotyyppiin.

Autoimmuuniset pernan T-solut olivat myös edustettuina ryhmissä 6 ja 5, jotka käsittävät vastaavasti T-efektorimuistin (TEM) ja perifeerisesti loppuun kuluneet solut. CD8 plus KIT:t MRL/lpr-hiiristä löydettiin useista ainutlaatuisista klustereista. Klusteri 2 sisälsi loppuun kuluneen T-solupopulaation (TEX). Klusteri 3 koostui pysyvästä muisti-T-solupopulaatiosta (TRM). Klusteri 6 oli TEM-klusteri, joka koostui noin 50 prosentista KIT:istä ja 50 prosentista pernan T-soluista. Klusteri 1 oli suurin KIT-klusteri. Se näytti edustavan siirtymätilaa, koska tämän klusterin solut ilmensivät TEX-, TRM- ja TEM-geenien seosta. Kaksi pienintä klusteria olivat jakautuvia soluja (klusteri 7) ja IFNhi T -soluja (klusteri 8), joissa oli soluja useista lähteistä.

Klusterien oletetun identiteetin vahvistamiseksi referenssigeenien allekirjoitukset (lisätaulukko 1) asetettiin UMAP-kuvioiden päälle (kuva 6, D-I). Residenssimuistin allekirjoitus kohdistui vahvimmin TRM- ja KIT TEX -klustereihin (kuva 6D). Vastavuoroisesti perifeerinen geenin allekirjoitus liittyi pernasta peräisin oleviin T-soluihin - erityisesti TEM-klusterien naiiveihin, TCM- ja pernaosaan (kuva 6E); oheislaitteiden TEX-klusterissa ei kuitenkaan ollut TRM:ää eikä oheislaitteen allekirjoitusta. Kuten odotettiin, CD8 plus KIT -populaatio osoitti kokonaisuutena vahvan "lopetun" allekirjoituksen (6). KIT:ien joukossa loppuunkulumisallekirjoitus liittyi eniten klustereihin 2 ja 3 ja vähemmässä määrin 1:een, jotka edustavat vastaavasti KIT TEX-, TRM- ja siirtymäpopulaatioita (kuva 6F). Vertailugeenin UMAP-peittokuvat TEM- ja TCM-transkription allekirjoituksille vahvistivat näiden klustereiden alkuperäiset luokittelumme (kuva 6, G ja H).

Ainutlaatuinen TF-profiili, joka liittyy T-solujen infiltraatioon ja uupumukseen. Lisäksi suoritimme TF-motiivin rikastamista CD8- ja T-soluklustereille käyttämällä SCENICiä (kuva 7A). Kuten odotettiin, IRF1, IRF7, IRF9 ja STAT1 tunnistettiin IFNhi-klusterin transkriptioajureiksi. CD4 plus -osaston tapaan useat motiivit rikastuivat kaikissa CD8 plus KIT:issä (UQCRB, CREM ja KLF6), kun taas muut TF:t olivat klusterikohtaisia; esimerkiksi TEX-klustereissa (2 ja 5) NR3C1:n, HTATIP2:n ja ELF1:n motiivit rikastuivat.

SCENIC ei voi kartoittaa kaikkia TF:itä. Vaihtoehtoisen lähestymistavan tarjoamiseksi peitimme useiden TF:iden ilmentymisen UMAP-kuvaajille (kuva 7B). Cremin ja vähemmässä määrin Klf6:n ilmentyminen liittyi KIT:ihin, kun taas Uqcrb ei, mikä paljastaa jonkin verran epäsopivuutta TF-ilmentymisen ja ennustetun TF-geenisäätelyn välillä. Sekä Toxin että Eomesin, jotka säätelevät T-solujen uupumusta (31–33), ilmentyminen korreloi TEX-klusterien 2 ja 5 kanssa, mikä vahvistaa niiden identiteettiä. Erityisesti Tcf7, joka ilmentyy voimakkaasti pernan T-soluissa, havaittiin myös siirtymävaiheessa olevissa soluissa, jolloin ilmentyminen yleensä sammui TEX- ja TRM-populaatioissa. Tcf7:n kaltainen kuvio nähtiin Klf2:lla, kun taas Klf6:lla ja Id2:lla oli vastavuoroisia kuvioita.

【Lisätietoja: david.deng@wecistanche.com / WhatApp:86 13632399501】