Cistanche Deserticola -glykosidien estrogeenimaisten vaikutusten mekanismit: Network Farmacology and Transcripticsin näkemykset
Apr 22, 2025
3. Koetulokset
3.1 Verkon farmakologian analyysin tulokset
3.1.1 GCS: n aktiivisten komponenttien estrogeenimaisten vaikutusten verkkoanalyysi
Yhteensä 40 yhdistettä GCS: ssä (taulukko 1) analysoitiin käyttämälläTCMSP, Symmit, Jne., OmmeljaQsarTietokannat. Kopioiden poistamisen jälkeen kerättiin 183 kohdetta. PeräisinGeenikortitjaOmimTietokantoja, "estrogeenivajetta" tai "alhaisia estrogeenitasoja" käytettiin avainsanoina sairauksiin liittyvien kohteiden hakemiseksi. Kohteiden yhdistäminen molemmista lähteistä että kaksoiskappaleiden poistamisesta johti 1 712 tautitavoitetta.
KäyttäminenCytoscape v3.9.1, "yhdistelmäkohde" (CT) -verkko visualisoitiin (kuva 1). Verkko sisälsi 223 solmua: 40 solmua, jotka edustavat GCS: n aktiivisia komponentteja ja 183 solmua, jotka edustavat kohteita, kytkettynä 253 reunalla. Venn-kaavion online-alustaa käyttämällä 40 GCS-spesifisten kohdegeenien ja estrogeenimaisten kohdegeenien leikkauspiste tuotti 72 päällekkäistä "GCS-estrogeenin kaltaista" kohdegeeniä (kuva 2).
Cistanche -lisäravinteet miesten seksuaaliseen toimintahäiriöön
3.1.2 Ydinkohteiden ja PPI -verkkoanalyysin seulonta
Verkon topologiset parametrit (aste, välinen keskeisyys ja läheisyyskeskeisyys) analysoitiin. Näiden parametrien mediaaniarvoja käytettiin kynnysarvoina. Kohteet, jotka täyttävät kaikki kolme kynnyskriteeriä, valittiin ydinkohteiksi GCS: n estrogeenin kaltaisille vaikutuksille. Tunnistettiin yhteensä 24 ydinkohdetta. KäyttäminenCytoscape v3.9.1, "yhdiste - ydinkohde - estrogeenimainen" -verkko visualisoitiin (kuva 3). Lisäksi rakennettiin ydinkohteiden PPI -verkko (kuva 4).
3.1.3 Go Functional- ja KEGG -reitin rikastusanalyysi
GO: n funktionaalisen analyysin perusteella tunnistettiin 35 merkittävää merkintää. Korjattujen P-arvojen perusteella valittiin 20 parasta reittiä (kuva 6). Näihin liittyi ensisijaisesti molekyylifunktioita, kuten sytokiinireseptorin sitoutumista, estrogeenireseptorin sitoutumista, kasvutekijäreseptoreiden sitoutumista ja ydinreseptoriaktiivisuutta.
KEGG -reitin rikastusanalyysi tunnisti 83 merkittävää signalointireittiä. 20 parasta reittiä, jotka on sijoitettu korjattuihin p-arvoihin, visualisoitiin (kuva 7). Tärkeimpiä estrogeeniin liittyviä reittejä mukaan lukien:
Kasvaimen nekroositekijä (TNF) signalointireitti
Interleukin -17 (il -17) signalointireitti
Hypoksia-indusoitava tekijä -1 (HIF -1) signalointireitti
Estrogeenin signalointireitti
Näillä reiteillä on kriittinen rooli GCS: n estrogeenimaisissa vaikutuksissa.
3.2 Integrointi transkriptitietoon
3.2.1 Korrelaatioanalyysi ennustettujen kohteiden ja transkriptisen datan välillä
KäyttämälläHGNCTietokanta, verkon farmakologian ennustamat 24 ydinkohdegeeniä muutettiin homologisiksi rottageeneiksi, mikä johtaa 31 geeniin. Kopioiden poistamisen jälkeen 29 geeniä pysyi. Vertaamalla transkriptiseen tietoon, kaikki 29 ydinkohdetta (paitsiMCL1jaGCG) osoitti geeniekspression muutokset. Tulokset on esitetty taulukossa 2.
3.2.2 Korrelaatioanalyysi Verkon farmakologian ja transkriptiikan KEGG -reittien välillä
Kun olet muuttanut ydinkohdegeenit homologisiksi rottageeneiksi, suoritettiin KEGG -reitin rikastusanalyysi. Yhteensä 1 0 8 reitiä (padjust <0. 05) tunnistettiin ydinkohdegeeneille. KEGG: n rikastusanalyysi transkriptisen sekvensointitietojen tunnistamista 107 reittiä (padjust <0,05). Verkon farmakologian ja transkriptiikan välisen korrelaatioanalyysin tulokset on esitetty kuvassa 8.
Päällekkäisiä reittejä oli 68, mukaan lukien:
Estrogeenin signalointireitti
leirin signalointireitti
TNF -signalointireitti
Päällekkäisten reittien osuus oli yli 60% kokonaisreitteistä.
