Herba Cistanches-Epimedium Herb-Fortune's Drynaria Rhizomen mekanismi osteoporoosin hoidossa verkkofarmakologiaan ja molekyylitelakointiin perustuen

Abstrakti:

Tavoite Tutkia herba cistanches -epimedium-yrtti -fortune's drynaria -juurikon osteoporoosiinverkkofarmakologian toimesta.

Methods Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP) avulla löydettiin tärkeimmät komponentit ja kohteet.herba cistanches-epimediumyrtti-fortune's drynaria juurakko, ja Geen Cards -tietokantaa käytettiin osteoporoosin kohdegeenien löytämiseen. Venny2.1.0 käytettiin geenien leikkaamiseen, String-tietokantaa käytettiin proteiinien vuorovaikutukseenverkkoanalyysi, Cytoscapea käytettiin aktiivisuus-komponentti-kohdeverkkokaavion muodostamiseen, David-tietokantaa käytettiin GO-rikastusanalyysiin ja KEGG-reittianalyysiin ja molekyylitelakointi suoritettiin.

Tulokset Herbassa oli 46 tehokasta komponenttiaci-stanches-epimediumyrtti-fortune's Drynaria-juurakko ja 225 yhteistä kohdettaosteoporoosi. tällainen laktoni, kversetiini, luteoliini, kaempferoli, eriodiktyoli, eriodiktioli ja naringeniini olivat ydinkomponentteja, AKT1, ERS2, MMP-9, AR ja mTOR olivat ydinkohteita. GO-rikastus osoitti 489 biologista prosessia (BP), 53 solukomponenttia (CC) ja 100 molekyylitoimintoa (MF). KEGG:n tulokset osoittivat, että saatiin 149 syöpäreittiä, PI3K-Akt-signalointireittiä, estrogeenin signalointireittiä ja niin edelleen. Molekyylitelakoinnin tulokset osoittivat, että MMP -9 pystyi sitoutumaan hyvin sellaiseen silaktoniin, kversetiiniin, luteoliiniin ja kaempferoliin.

 MYYNNISSÄ HERBA CISTANCHE-EPIMEDIUM -RAAKA-AINEET

JohtopäätösHerba cistanches-epimedium yrtti-fortune'sdrynaria juurakolla on monikohdevaikutusosteoporoosi. Lääkkeen tehokkaat komponentit voivat säädelläosteoporoosiin liittyvät kohteetuseista eri tavoista hoitaa osteoporoosia.

Avainsanat: Herba cistanche; Epimedium yrtti; Fortune's Drynaria -juurakko; Verkko-farmakologia; Molekyylinen telakointi; Toimintamekanismi

Osteoporoosi (OP)on ametabolinen luusairausjolle on ominaista systeeminen luukado ja epätasapainoosteoblastitja osteoklastit.

Kliiniset oireet ovatvähentynyt luun tiheys,lisääntynyt luun haurausja helpot murtumat. OP:n ilmaantuvuus lisääntyy merkittävästi iän myötä. Tutkimukset ovat osoittaneet, että OP:n ilmaantuvuus alle 50-vuotiailla on 15-50 %, kun taas yli 60-vuotiailla ilmaantuvuus nousee yli 56 %:iin. Erilaiset OP:n aiheuttamat kliiniset oireet ovat vaikuttaneet vakavasti vanhusten terveelliseen elämään.

Nykylääketieteessä on edelleen tiettyjä rajoituksiahoitaa OP:ta, jasynteettiset huumeeton myös tiettyjämunuaistoksisuus. Perinteisellä kiinalaisella lääketieteellä on yhä tärkeämpi rooli OP:n kaltaisten sairauksien hoidossa, mukaan lukien epimedium, cistanche ja muut kiinalaiset kasviperäiset lääkkeet. Niistä Rehmannia glutinosa on spesifinen kannabinoidityypin 2 reseptorin (CB2R) agonistinen aktiivisuus ja sitä voidaan säädellä CB2R:n avulla. Osteoblastien ja osteoklastien toiminnot [1]. Epimediumilla ja Cistanche deserticolalla on munuaisia ​​vahvistava ja esanssia täydentävä vaikutus, ja niitä käytetään usein yhdessä muiden kasviperäisten lääkkeiden kanssa OP:n hoitoon. Tämä tutkimus käyttääverkostofarmakologiamenetelmiä mahdollisten kohteiden tutkimiseksiCistanche deserticola-Epimedium-DrynariaeOP:n hoitoon ja selvittää sen OP:hen vaikuttavat reitit, polut, molekyylit jne. tavoitteena kehittää OP-terapeuttisia lääkkeitä klinikalla. Tarjoa uusia ideoita.

1 Materiaalit ja menetelmät

1.1 Tietolähteet

Tähän tutkimukseen osallistuvat verkon farmakologiset tietokannat ja ohjelmistot sisältävät TCMSP-tietokannan (https://old.tcmsp-e.com/), Pubchem-tietokannan (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov), Swiss Target Prediction -tietokannan. (http://swisstarget-prediction.ch/), Venny2 (https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html), Metascape (https://metascape.org) ja Cytoscape v3 .9.{5}} -ohjelmisto (https://cytoscape.org/).

 MYYNNISSÄ HERBA CISTANCHE-EPIMEDIUM -RAAKA-AINEET

1.2 Menetelmät

1.2.1 Lääkkeiden vaikuttavien aineiden ja kohteiden seulonta

Lääkkeiden ainesosia haettiin avainsanoilla Drynaria, Epimedium ja Cistanche deserticola Kiinan lääketieteen järjestelmän farmakologian tietokannan ja analyysialustan TCMSP-tietokannasta. Lääkkeiden tärkeimmät ainesosat seulottiin oraalisen biologisen hyötyosuuden (OB) ehdoilla, jotka ovat suurempia tai yhtä suuria kuin 30 %, ja yhdisteen kaltaisen lääkkeen ominaisuuden (DL) arvolla, joka oli suurempi tai yhtä suuri kuin 0,18. Jokaista ainesosaa vastaavat kohteet löydettiin PubChem-tietokannan ja Swiss Target Prediction -tietokannan perusteella. Sairauskohteet haettiin Geen Cards -tietokannan perusteella ja aihesanana oli osteoporoosi.

1.2.2 PPI-verkon rakentaminen ja ydinkohteen seulonta

Sairauskohteiden ja lääkekohteiden leikkausgeenit saatiin Venny2.1:llä.0 ja PPI-verkkokaavio muodostettiin String-ohjelmistolla. PPI-verkkokaavio tuotiin Cytoscapev3.9:ään.{5}} ydinkohteiden seulomiseksi ja lääkeaine-kohde-tautiverkoston luomiseksi. 1.2.3 GO-rikastus ja KEGG-reittianalyysi Cistanche deserticolan, Epimediumin ja Drynariaen roolin tutkimiseksi OP:n hoidossa ydinkohteet syötettiin David-tietokantaan ja laji rajoitettiin "Homo sapiens" -geeniin GO-geeniä varten. rikastus ja KEGG-reittianalyysi. Merkittävimmin rikastetut tuotteet, kuten solukoostumus (CC), biologinen prosessi (BP), molekyylifunktio (MF) ja KEGG, seulottiin ja tuotiin mikrobiologiatietoihin visuaalista analyysiä varten.

1.2.4 Molekyylitelakka Ydinkohteen kemiallinen rakenne ladattiin PDB-tietokannan perusteella ja tallennettiin PDB-muotoon. Ydinkomponentin 3D-rakenne ladattiin PubChem-tietokannan avulla. Pymol-ohjelmistoa käytettiin veden ja pienimolekyylisten ligandien poistamiseen. Autodock-ohjelmistoa käytettiin molekyylitelakointiin ja sitoutumisenergia laskettiin.

2 tulosta

2.1 Lääkkeiden vaikuttavat aineet - kohteet ja taudin kohteet

TCMSP-tietokannan kautta saatiin yhteensä 46 vaikuttavaa ainetta, mukaan lukien 22 pääainesosaa Epimediumista, 18 Drynaria fortunein aktiivista ainesosaa ja 6 Cistanche deserticolan vaikuttavaa ainetta, kuten taulukosta 1 näkyy.

2.2 Lääkekohteiden ja sairauskohteiden risteys Venny-ohjelmistolla saatujen geenien leikkauspiste

Geeniä on yhteensä 225, kuten kuvassa 1 näkyy. Niiden joukossa on 274 lääkekohdetta ja 3093 sairauskohdetta.

2.3 PPI-verkon rakentaminen ja analysointi

Proteiiniverkosto perustettiin String-tietokannan kautta ja ydinkohdeverkko saatiin ydinkohdeseulonnalla.

Kuten kuvassa 2 esitetään, saatiin 51 solmua ja 704 vuorovaikutusta. Viisi parasta kohdetta astearvon mukaan luokiteltuna ovat MAPK3, AKT1, TNF, EGFR ja SRC.

2.4 Lääkeaine-kohde-tautiverkoston rakentaminen

Lääkkeen ainesosan kohde-tautikohde tuotiin Cytoscape-ohjelmistoon ja tiedot analysoitiin verkkokaavion muodostamiseksi (katso kuva 3). Niistä pääaineosien solmujen määrä, kuten MOL005384 (suchilaktoni), MOL000098 (quercetin), MOL000006 (luteoliini), MOL000422 (kaempferoli), MOL005190 (eriodiktyoli), MOL002914 (428) wasin0914 (Er38) korkeampi kuin muiden ainesosien. Pääkohteet ovat AKT1, ERS2, MMP-9, AR, mTOR jne.

2.5 GO-rikastusanalyysi ja KEGG-reittianalyysi

GO-rikastusanalyysi suoritettiin 51 ydinkohteeseen, ja analyysitulokset tuottivat 489 BP:tä, 53 CC:tä ja 100 MF:ää. Kunkin vertailun 15 ensimmäistä kohdetta käytettiin GO-rikastuskartan laatimiseen, joka sisälsi RNA-polymeraasi II -promoottorin transkription positiivisen säätelyn biologisen prosessin, apoptoosin negatiivisen säätelyn, makromolekyylikompleksin solukomponentit, mitokondriosolukomponentit, proteiinikinaasia sitovat molekyylitoiminnot, ja RNA-polymeraasi II:n ydinpromoottorin proksimaalisen alueen sekvenssispesifiset DNA:ta sitovat molekyylitoiminnot, kuten kuvassa 4 on esitetty.

KEGG-tulokset osoittivat, että saatiin 149 signalointireittiä, mukaan lukien syöpäreitti, PI3K-Akt-signalointireitti, estrogeenin signalointireitti, HIF-1-signalointireitti jne. KEGG-analyysin tekemiseen käytettiin 20 parasta reittiä (katso kohta). kuva 5).