Bentsalasetofenonijohdannaisten laskennallinen tutkiminen SARS-CoV-2:tä vastaan ​​mahdollisina usean kohteen bioaktiivisina yhdisteinä Ⅱ

3.7.2. 3CLpro-karmofuurikompleksin stabiilius

Kompleksinen 3CLpro-karmofuuri osoitti vakaata dynamiikkaa 150 ns simuloinnin aikana tasapainotusjakson (60 ns) jälkeen. Keskimääräinen RMSD-arvo rungolle ja kompleksille oli 2,34 Å ja 2,81 Å, vastaavasti. N- ja C-terminaaliset tähteet osoittivat suurimmat jäännösvaihtelut (~10 Å). Kuitenkin tähteet, jotka osallistuivat stabiileihin ja konservoituneisiin sitoutumattomiin vuorovaikutuksiin, osoittivat suhteellisen paljon pienempiä vaihteluita (~ 2,0 Å). Rg-arvo paljasti taittuvan kuvion ~30 ns:n aikana (Kuva 10) ja sen havaittiin ilmentävän osittaista laskostumista, mikä osoittaa stabiilin ligandin sitoutumisen. Lisäksi havaittiin, että 3CLpro:n ja carmofurin telakoidun kompleksin miehittämä alkuperäinen pinta-ala oli 145,97 nm2 ja lopullinen keskimääräinen pinta-ala 148,49 nm2. Keskimääräinen kompleksin käyttämä hydrofobinen pinta-ala oli 148,32 nm2, mikä edusti proteiinin laskostumista ja sitoutumistaskun joustavuutta. Lisäelokuva (S2) edustaa karmofurin yksityiskohtaista sitoutumistilaa ja vakaata dynamiikkaa 3CLpro:hon. Tämä kompleksi muodosti 6 talliaH-sidokset, joista 4 oli yhdenmukaisia ​​koko simulaatioiden ajan. Uskottiin, että nämä ovat vakaatH-sidosvuorovaikutukset edistävät stabiilien kompleksien muodostumista. Kompleksin 3CLpro-karmofuurikompleksin arvioitu suhteellinen sitoutumisenergia oli− 16,67 kcal/mol. Lisäksi tärkeimmät sitoutumisenergiaan vaikuttavat jäännökset tunnistettiin laskemalla jäännöksen hajoamisenergia. JäännöksetThr25, Met49, Cys142, Met165, Leu167, Arg188,jaGln 189suosi stabiilia kompleksin muodostusta. Kuitenkin jäämiäAsn142jaGlu166ei suosi vuorovaikutusta. Näiden jäämien joukossaMet165osoitti merkittäviä panoksia sitoutumisenergiaan, koska sillä oli vähiten osuus energiaa (− 9,12 kJ/mol). Kuitenkin muiden vuorovaikutuksessa olevien tähteiden panosenergia vaihteli välillä− 1.42 asti− 5,601 kJ/mol ja osallistui myös stabiilin kompleksin muodostukseen.

3.7.3. PLpro - 4-hydroksikordoiini (c30) -kompleksin stabiilius

PLpro–4-hydroksikordoiini (c30) -kompleksi osoitti vakaata dynamiikkaa ja samanlaista trendiä 150 ns:n ajan. RMSD-arvo oli vakaa ~ 80 ns:iin asti ~ 1,2 - ~ 1,5 Å ja ~ 1,8 - ~ 2,2 Å rungolle ja kompleksille, vastaavasti. ~80 ns:n jälkeen RMSD:n havaittiin olevan suhteellisesti korkeampi (~ 1,5–2,3 Å ja vastaavasti ~ 2,2–3,5 Å) proteiinin lisääntyneen pinta-alan vuoksi. C:lle piirretyt jäännösvaihtelut paljastivat stabiilien sitoutumattomien kontaktien muodostumisen tähteissä, joissa havaittiin vähemmän vaihteluita 4-hydroksikordoiinissa (c30) eli Val203, Met207, Tyr208, Met209, Ile223, Pro224 ja muihin Pro248:aan verrattuna. ei-vuorovaikutteisia jäämiä. Rg-arvo osoitti vakaan kompleksin muodostumisen MD-simuloinnin aikana muodostamalla kompaktin pallomaisen muodon, kuten Rg-arvon tasainen lasku paljasti. Lisäelokuva (S3) esittelee 4-hydroksikordoiinin (c30) sitoutumistilan PLpro:n kanssa. Havaittiin, että kahden arkin välisten jäännösten muodostama silmukka oli lähellä sidetaskua ja sillä oli maksimaalinen kosketus molekyylin kanssa. Tämän silmukan joustavasta luonteesta johtuen se osoitti kuitenkin sidostaskun avautumisen, mikä johti lisääntyneeseen SASA:n ja ligandin liikkeeseen MD-simuloinnin aikana ~ 85 ns:n jälkeen. PLpro:n ja 4-hydroksikordoiinin (c30) telakoituneen kompleksin alkuperäinen pinta-ala oli 169,50 nm2 ja lopullinen 170,29 nm2. Kompleksin keskimääräinen pinta-ala oli 170 nm2. Kompleksi muodosti 3 H-sidoksen, joista 2 oli yhdenmukaista. 4--hydroksikordoiinin (c30) sitoutumisaffiniteetti PLpro:n kanssa arvioitiin laskemalla suhteellinen sitoutumisenergia. Kompleksin sitoutumisenergia oli −16,28 kcal/mol. Saadakseen lisää rakenteellisia näkemyksiä yksittäisten tähteiden osuudesta sitoutumisenergiassa, analysoitiin jäännöksen hajoamisenergia. Havaittiin, että 7 tähdettä vaikuttivat merkittävästi stabiiliin kompleksin muodostumiseen ja suosivat olemassa olevia sitoutumattomia vuorovaikutuksia eli Val203, Met207, Tyr208, Met209, Ile223, Pro224 ja Pro248 (kuvio 11). Mikä tärkeintä, tähteet Tyr208, Met209, Ile223 ja Pro224 osoittivat merkittävää panosta sitoutumisaffiniteettiin pisteyttämällä alhaisimman energian -2,97, -3,89, -3,82 ja -2,91 kJ/mol. Tähän artikkeliin liittyvä lisävideo löytyy osoitteesta https://d oi.org/10.1016/j.compbiomed.2022.105668.

3.7.4. PLpro-GRL-0617-kompleksin vakaus

PLpro-GRL-0617-kompleksi oli vakaa ja osoitti samanlaisia ​​RMSD-arvoja 120 ns:iin asti. Rungon RMSD-arvo vaihteli välillä ~1,3 Å - ~3.0 Å ja ~1,8 Å - ~4,5 Å kompleksille. Rungon RMSD-arvon tasainen lasku havaittiin ~120 ns:n jälkeen (~3.{{20}} Å:stä 2.0 Å:iin), ja se pysyi vakaana koko ajan MD-simulointijakso (150 ns). Samoin kompleksinen RMSD-arvo osoitti samanlaista tasaista laskua RMSD-arvossa välillä ~4,5 Å - ~3,0 Å. ~120 ns:n jälkeen RMSD-arvo nousi edelleen 3,8 Å:iin 150 ns:iin. Gly164:n, Asp165:n, Thr211:n, Leu212:n, Asn216:n, Ile223:n, Ala247:n, Pro248:n ja Tyr265:n jäännösvaihtelut olivat suhteellisen pienemmät verrattuna muihin ei-vuorovaikutteisiin tähteisiin. Vaikka Cys225, Val226 ja Cys227 osoittivat maksimaalista jäännösvaihtelua 6 Å:iin asti lisääntyneen paikallisen joustavuuden vuoksi, ligandivuorovaikutusta havaittiin simulaation aikana. Lisäksi Rg-arvo osoitti stabiilin kompleksin muodostumisen ~ 70 ns asti. Lisäksi ligandia sitovan taskun "Lys158 to Val166" viereisen silmukka-alueen joustavuuden vuoksi havaittiin ligandin liikettä kohti muita sitovia taskuja (lisäelokuva S4), mikä myös osoitti Rg-arvon nousu ~70. ns. Lisäksi GRL-0617 muodosti vakaat ei-sidotut kontaktit koko 150 ns:n MD-simulaatiossa vakaan Rg-kuvion tukemana. Aluksi SASA:ssa oli joustava sidontatasku ja nousi SASA-arvo. Tämä on saattanut laukaista ligandin GRL- 0617 uudelleensuuntautumisen. PLpro:n ja GRL- 0617-telakoidun kompleksin miehittämä alkuperäinen pinta-ala oli 164,32 nm2 ja lopullinen 162,263 nm2. Kompleksin keskimääräinen pinta-ala oli 165,02 nm2. Samalla tavoin kohonneet SASA-arvot osoittivat sitoutumistaskun aukon stabiilia kompleksin muodostumista varten, mikä oli suositeltua pääasiassa sitoutumistaskutähteiden joustavan luonteen vuoksi. Kompleksi muodosti 4 H-sidosta, joista 2 H-sidosta oli yhdenmukaisia ​​simulaatiojakson aikana. Lisäksi PLpro-GRL-0617-kompleksin sitoutumisenergia oli −11,83 kcal/mol. Lisäksi rakenteelliset näkemykset yksittäisten tähteiden osuudesta sitoutumisenergiassa kvantifioitiin laskemalla jäännöksen hajoamisenergia. Havaittiin, että 9 tähteellä oli merkittävä panos stabiiliin kompleksin muodostukseen ja ne suosivat olemassa olevia sitoutumattomia vuorovaikutuksia eli Thr211, Leu212, Asn216, Ile223, Cys225, Val226, Cys227, Ala247 ja Pro248 (kuvio 12). Mikä tärkeintä, tähteet Ile223, Cys225, Val226 ja Cys227 osoittivat merkittävää panosta sitoutumisaffiniteetissa pisteyttämällä pienimmän panosenergian, jotka olivat vastaavasti −0,91, −0,74, −1.{87}} ja −1,08 kJ/mol. .

Tähän artikkeliin liittyvä lisävideo löytyy osoitteesta https://d oi.org/10.1016/j.compbiomed.2022.105668.

Kuva 5. GO-analyysit säädellyistä proteiineista bentsalasetofenonijohdannaisilla, jotka esittelevät solukomponentteja, molekyylien toimintaa ja biologisia prosesseja.

3.7.5. Piikkiproteiinin stabiilius - mallotophilippen D (c42) -kompleksi

Piikkiproteiini-mallotophilippen D (c42) -kompleksi osoitti stabiilia dynamiikkaa 100 ns:n tasapainotusjakson jälkeen, kuten muutkin tutkitut kompleksit. RMSD-arvo vaihteli välillä ~ 1,2 Å - 3 Å ja 1,8 Å - ~ 4 Å rungon ja kompleksin osalta. Simulaatiota laajennettiin edelleen 200 ns:iin, kun tämä kompleksi saavutti tasapainotilan 100 ns:n jälkeen. Keskimääräiset havaitut runko- ja kompleksi-RMSD-arvot olivat ~2,6 Å ja ~3,8 Å. C:lle piirretyt jäännösvaihtelut paljastivat vähemmän vaihteluja jäännöksille, jotka osallistuivat sitoutumattomiin kontakteihin mallotophilippen D:n (c42) kanssa verrattuna muihin ei-vuorovaikutteisiin tähteisiin. Alal344-Trp353- ja Glu516-Thr523-tähteiden muodostama joustava silmukkaalue oli kuitenkin erittäin dynaaminen ja osoitti suurempia vaihteluita (~3 Å). Ligandi-proteiinivuorovaikutuksiin aktiivisesti osallistuvat tähteet, mukaan lukien Phe342, Leu368 ja Ile434, osoittivat vähiten vaihtelua (lisäelokuva S5). Lisäksi stabiili kompleksi muodostui MD-simuloinnin aikana ja loi kompaktin pallomaisen muodon, kuten Rg-arvon lasku paljasti 10 ns:n jälkeen. Kompleksi seurasi stabiilia Rg-arvoa 100 ns:n jälkeen, mikä osoitti oikeanlaista laskostumista, joka vaadittiin stabiilin kompleksin muodostamiseksi ligandin ja proteiinin välille. Piikkiproteiinin ja mallotophilippen D (c42) -telakoidun kompleksin valtaama alkuperäinen pinta-ala oli 112,38 nm2 ja lopullinen 112,6 nm2. Kompleksin keskimääräinen pinta-ala oli 111,4 nm2. Täydentävä elokuva (S5) osoittaa mallotophilippen D:n (c42) yksityiskohtaisen sitoutumistavan piikkiproteiinin kanssa. Kompleksi muodosti 6 H-sidosta, joista 3 oli yhdenmukaisia. Mallotophilippen D:n (c42) sitoutumisaffiniteetti piikkiproteiiniin arvioitiin laskemalla suhteellinen sitoutumisenergia. Lisäksi kompleksin sitoutumisenergia oli −34,10 kcal/mol. Lisäksi jäännöskohtainen energia paljasti 12 tähdettä sitoutumistaskusta, nimittäin Phe342, Ala363, Asp364, Tyr365, Leu368, Leu371, Ala372, Phe374, Ile434, Trp436, Val511 ja Leu513:n kompleksin muodostuminen merkittävästi. 13). Sidostaskun tähteet Phe342, Leu368, Ile434 ja Trp436 osoittivat merkittävää vaikutusta sitoutumisaffiniteettiin, sillä ne pisteyttivät vähiten jäännöksen hajoamis-/vaikutusenergiaa, vastaavasti -5,78, -9,39, -4,71 ja -4,20 kJ/mol.

Kuva 7. Ennustettuantiviraaliset spektritbentsalaasetofenonijohdannaisia ​​useita viruksia vastaan. Ennustettiin, että suurin osa bentsalasetofenonijohdannaisista oli aktiivisia herpesvirusta vastaan ​​(12,57 prosenttia) ja vähiten trakoomaa vastaan ​​(0,57 prosenttia).

3.7.6. Piikkiproteiinin stabiilius - DRI-C23041 kompleksi

Piikkiproteiini-DRI-C23041-kompleksi osoitti myös vakaata dynamiikkaa 100 ns:n tasapainotusjakson jälkeen, joka on samanlainen kuin piikkiproteiini mallotophilippen D (c42) -kompleksi. Aluksi runko- ja kompleksi-RMSD-arvot nousivat vähitellen ~ 1,8 Å:stä 5 Å:iin ja ~ 2 Å:stä ~ 5,1 Å:iin rungon ja kompleksin osalta. Tähteet Val367, Leu368, Asp339, Asp364, Asp389 ja Leu441 osoittivat suhteellisen vähemmän vaihteluita (~ 4,0 Å), koska ne osallistuvat stabiileihin sitoutumattomiin vuorovaikutuksiin DRI-C23041:n kanssa. Ala475 - Asn487 tähteiden muodostama joustava silmukka osoitti maksimaalisia jäännösvaihteluita (~ 11,0 Å). Lisäksi stabiili kompleksi muodostui vakaalla Rg-arvolla ~ 18 Å. Lisäksi ligandin pyöriminen vastapäivään havaittiin noin ~ 63 ns:n kohdalla kompleksien osittaisen avautumisen yhteydessä, mikä näkyi myös lisääntyneenä Rg-arvona 19,5 Å:iin (lisäelokuva S6). Ligandi kuitenkin palasi alkuperäiseen asemaansa ja miehitti vakaat konformaatiot, ja kompleksi muodosti kompakteja pallomaisia ​​muotoja, mitä tuki Rg-arvon lasku 18,3 Å:iin. Tämä ligandin rakenteellinen muutos suosi stabiilia kompleksin muodostumista 150 ns MD-simuloinnin aikana. Piikkiproteiinin ja DRI-C23041:n telakoituneen kompleksin alkuperäinen ja lopullinen pinta-ala oli 109,379 nm2 ja 107,334 nm2. Kompleksin keskimääräinen pinta-ala oli 110,57 nm2. Kompleksi muodosti 4 H-sidosta, joista 2 oli yhtenäisiä. Suhteellisen sitoutumisenergian DRI-C23041:n ja piikkiproteiinin välillä havaittiin olevan −3,10 kcal/mol. Jäännöskohtainen energia paljasti 11 tähdettä sitoutumistaskusta, nimittäin Asp339, Glu340, Asp364, Asp389, Asp398, Asp405, Glu406, Asp427, Asp428, Asp442 ja Glu516, ​​jotka myötävaikuttavat merkittävästi näiden kompleksien (F) ja stable-kompleksien muodostumiseen. jäännökset saivat vähiten jäännöksen hajoamis-/vaikutusenergiaa, joka vaihteli -11,90 kJ/mol - -27,17 kJ/mol.

3.7.7. Pääkomponentti ja dynaaminen ristikorrelaatiomatriisi

Teimme pääkomponenttianalyysin tutkiaksemme konformaatioiden joustavuutta ja monimuotoisuutta konformaatioissa, jotka ilmenevät 150 ns MD-simulaatioista saadusta vakaasta liikeradalta eli 100–150 ns viidelle kompleksille ja 150–200 ns piikkiproteiini-mallotophilippen D -kompleksille. Ensimmäiset 10 ominaisvektoria/pääkomponenttia sieppaavat suurimman kollektiivisen liikkeen. Siksi tutkimme tarkasti kaksi ensimmäistä ominaisvektoria / PC:tä (pääkomponentteja) yksityiskohtaisesti. Kuvio 15 esittää kahden ensimmäisen ominaisvektorin 2D-projektiota. Havaittiin, että tässä tutkimuksessa käytetyt standardimolekyylit, nimittäin Carmofur, GRL-0617 ja DRI-C23041, jotka kohdistuivat 3CLpro-, PLpro- ja piikkiproteiiniin, osoittivat suurempaa konformaatioiden monimuotoisuutta simulaatioiden aikana (näkyy punaisena viivana). Kuvassa 15A–C) Valitut ligandit, nimittäin 3'-(3-metyyli-2-butenyyli)-4' -O- -D-glukopyranosyyli{{22} },2'-dihydroksikalkoni, 4-hydroksikordoiini ja mallotophilippen D, jotka kohdistuivat 3CLpro-, PLpro- ja piikkiproteiiniin, osoittivat vähemmän erilaisia ​​konformaatioita simuloinnin aikana. Tämä paljastaa, että 3'-(3-metyyli-2-butenyyli)-4'-O- -D-glukopyranosyyli-4,2'-dihydroksikalkoni muodostaa komplekseja 3CLpro:n kanssa, 4-hydroksikordoiini PLpro:lla ja mallotophilippen D piikkiproteiinilla ovat hyvin tasapainossa ja stabiloituneet simulaation aikana. Lisäksi kompleksien (standardimolekyylien) käyttämä suurempi konformaatiotila osoitti suurempaa konformaatiota joustavuutta maksimaalisella määrällä erilaisia ​​konformaatioita. Mielenkiintoista on, että yhdisteet 3'-(3-metyyli-2-butenyyli)-4′ -O- -D-glukopyranosyyli-4,2'-dihydroksikalkoni, {{ 51}}hydroksikordoiini ja mallotophilippen D 3CLpro:n, PLpro:n ja piikkiproteiinin kanssa veivät suhteellisen paljon vähemmän konformaatiotilaa vastaaviin kontrolleihinsa/standardeihinsa verrattuna. Siten ehdotamme, että seulotut molekyylit voisivat olla tehokkaampia kuin tavalliset lääkkeet (kuvat 15D–F).

Komplekseissa havaittu C-atomien dynaaminen ristikorrelaatio saa lisää rakenteellisia näkemyksiä ligandia sitovien domeenien kollektiivisesta liikkeestä. Kuvio 16 esittää C-atomien yhtenäistä jäännösliikettä kaikissa simuloiduissa komplekseissa. Vino meripihkanvärinen viiva osoittaa jokaisen jäännöksen vahvan itsekorrelaation itsensä kanssa. Korrelaation amplitudi antikorrelaatioon skaalataan vastaavasti oranssista siniseen. Kompleksissa 3'-(3-metyyli-2-butenyyli)-4′ -O- -D-glukopyranosyyli-4,2'-dihydroksikalkoni-3 CLpro, sitoutumiskohdan tähteet osoittavat antikorrelaatiota 3CLpron N-terminaalisen domeenin kanssa. Antikorrelaation amplitudi on kuitenkin kohtalainen, kun taas kompleksinen 3CLpro-karmofuuri (standardi) osoitti samanlaista antikorrelaatiota paljon pienemmällä amplitudilla. Siten ehdotamme 3'-(3-metyyli-2-butenyyli)- 4'-O- -D-glukopyranosyyli-4,2'-dihydroksikalkonin sitoutumista suosiisi konformaatiomuutosta ja edistäisi stabiilia kompleksin muodostumista tehostetuilla sitoutumattomilla vuorovaikutuksilla verrattuna sen standardimolekyyliin eli karmofuuriin. Samoin toinen kompleksinen 4-hydroksikordoiini PLpro osoitti vahvan korrelaation tähteiden 50–175 välillä, mutta samat tähteet kompleksissa PLproon sitoutuneen tavanomaisen lääkkeen GRL-0617 kanssa osoittivat suhteellisen heikompaa yhteistoimintaliikettä. Yhteistyöliike, joka ilmaistaan ​​sidostaskutähteiden välillä 175–240 N-terminaalisen alueen kanssa, paljasti aktiivisen kohdan tähteiden merkityksen GRL-0617-PLpro-kompleksin stabiloinnissa. Sidostaskukorrelaatio menetettiin kompleksisessa GRL{40}}PLprossa. Standardimolekyyli DRI-C23041-piikkiproteiinikompleksi osoitti voimakasta yhteistoimintaliikettä tähteille 390-470 itsensä kanssa, kun taas nämä kompleksin piikki-mallotophilippen D:n tähteet osoittivat yhteistyön vastaista liikettä.liikettä. Lisäksi piikki-mallotophilippen D -kompleksi osoitti antiyhteistoimintaliikettä lukuun ottamatta kaikkien tähteiden ilmaisemaa vahvaa itsekorrelaatiota.

Siten dynaaminen ristikorrelaatiomatriisi osoitti yhteistoiminnallista ja yhteistoimintaa vastustavaa liikettä proteiinissa korostaen tutkittujen kompleksien konformationaalista joustavuutta ja vakaat sitoutumattomat vuorovaikutukset, joita hoidettiin ei-yhteistoiminnallisella liikkeellä vastakkaisella puolella, laukaisivat sitovan taskun avautumisen ja sulkeutumisen. tähteet, jotka helpottavat stabiilin kompleksin muodostumista MD-simuloinnin aikana.

Kuva 9. Parametrit, jotka kuvaavat 3CLpro-3'-(3-methyl-2-butenyl)-4'-O- -D-glukopyranosyl-4, 2'-dihydroksikalkonikompleksin rakenteelliset stabiilisuudet. (a) rungon ja kompleksin RMSD, (b) RMSF, (c) Rg, (d) SASA, (e) H-sidosvuorovaikutusten määrä ja (f) energiakäyrä, joka korostaa sitoutuvien taskutähteiden tärkeyttä vakaa kompleksin muodostus.

Taulukko 6

MM-PBSA laskelmat huippuhittikompleksien sitoutumisvapaasta energiasta ja vuorovaikutusenergioista.

4. Keskustelu

On osoitettu, että immuunivastetta vahvistavilla aineilla voi olla päärooli useiden tartuntapandemioiden, mukaan lukien COVID{0}}, ennaltaehkäisyssä, koska ne ovat yleisempiä heikentyneessä immuniteetissa. Aikaisemmin immuunivahvistajien roolia COVID-viruksen-19 hoidossa on selitetty cheminformatiikan ja bioinformatiikan lähestymistapojen avulla [34]. Vastaavasti esillä olevassa työssä yritettiin tutkia bentsalasetofenoneja (flavonoidien esiasteita) [35] immuunivastetta vahvistavina ja antiviraalisina aineina uutta koronavirusta vastaan.

Aluksi yhdisteet haettiin ja niille tehtiin lääkkeen kaltaisuuden ennuste perustuen molekyylipainoon, H-sidoksen luovuttajiin, vastaanottajiin ja lipofiilisyyteen, kuten Lipinskin viiden säännön avulla selitetään. Täällä suurin osa bentsalaasetofenoneista tunnistettiin positiivisilla lääkkeiden kaltaisuuspisteillä, mikä viittaa niiden oraaliseen biologiseen hyötyosuuteen [16]. Lisäksi voidaan tehdä muutamia muutoksia bentsalasetofenonien rakenteeseen, joilla on negatiivinen lääkemäinen pistemäärä niiden oraalisen biologisen hyötyosuuden parantamiseksi. On kuitenkin huomattava, että niiden biologiseen toimintaan ei pitäisi vaikuttaa. Lisäksi 5 parasta ligandia, joilla oli positiivinen lääkkeen kaltaisuus, eli abyssinoni VI (c1), isobavakalkoni (c11), 4-hydroksikordoiini (c30), mallotophilippen E (c31) ja happipitoinen ksantohumol (c39) ennustettiin niiden vaikutuksille. lipofiilisyys, vesiliukoisuus, farmakokinetiikka ja lääkkeen kaltaisuus, koska nämä ovat keskeisiä rajoituksia, jotka on otettava huomioon lääkkeen vaikutukselle. Mielenkiintoista on, että yksikään näistä viidestä osumasta ei rikkonut Lipkinskia (molekyylipaino<500, number of H-bond acceptors <10, number of H-bond donors <5, and XLogP<5) [36] and Veber (number of rotatable bonds ≤10, and the total polar surface area ≤140, also questions 500 molecular weight cutoff in Lipinski rule of 5) [37] rules. 

Lisäksi tutkimusten kohteena olevat bentsalasetofenonit säätelevät yhteensä 55 erilaista reittiä, joissa hypoksiaa aiheuttava tekijä (HIF)-1, p53, ydintekijä kappa B (NF-kB), maksun kaltainen reseptori, kasvainnekroosi tekijä (TNF), haarukkalaatikko, alaryhmä O (FoxO), estrogeeni, Wnt, NOD:n kaltainen reseptori ja interleukiini-17 (IL-17) signalointireitti ja sytokiini-sytokiinireseptorivuorovaikutus tunnistettiin olla huolissaansäätelemällä immuunijärjestelmää. On raportoitu, että HIF-ilmentymisen ja stabiloinnin laukaisee hypoksia ja mikrobien aiheuttama patogeneesi. Lisäksi HIF sääteleeisännän immuunitoiminta, mikä lisää fagosyyttien mikrobisidista kapasiteettia ja T-solujen erilaistumista, jota seuraa sytotoksinen aktiivisuus. Lisäksi HIF-signalointireitillä on ensisijainen rooli tulehduksissa, makrofagien aineenvaihdunnassa ja polarisaatiossa, mikrobiinfektiossa (sekä virus- että bakteeri-infektiossa), antigeenin esittelyssä jasynnynnäinen immuniteetti[38]. Vastaavasti HIF-1-signalointireittiä (hsa04066) todettiin säädellyksi FLT1-, GAPDH-, HMOX1-, NOS2-, TFRC- ja TIMP1-geenien modulaatiolla, joilla olisi tärkeä rooli geenien manipuloinnissa.immuunijärjestelmäkoronavirusinfektioissa ja hoitaa tulehdusta sairastuneessa kudoksessa. Myös p53-signalointireitti manipuloiimmuunivastetärkeimpien sääntelijöiden transaktivoinnin kauttaimmuunisignalointireittejä.  

Kuva 10. Parametrit, jotka kuvaavat 3CLpro-Carmofur kompleksin rakenteellisia vakautta. (a) rungon ja kompleksin RMSD, (b) RMSF, (c) Rg, (d) SASA, (e) H-sidosvuorovaikutusten määrä ja (f) energiakäyrä, joka korostaa sitoutuvien taskutähteiden merkitystä stabiilissa kompleksissa muodostus.

Kuva 11. Parametrit, jotka kuvaavat PLpro-4-hydroksikordoiinikompleksin rakenteellista stabiilisuutta. (a) rungon ja kompleksin RMSD, (b) RMSF, (c) Rg, (d) SASA, (e) H-sidosvuorovaikutusten määrä ja (f) energiakäyrä, joka korostaa sitoutuvien taskutähteiden tärkeyttä vakaa kompleksin muodostus.

Lisäksi useita geenejä p53-signalointireiteistä on raportoitu myös sytokiinituotannossa, patogeenien havaitsemisessa, tulehduksessa ja kuolleiden solujen puhdistumisessa [39]. Näin ollen bentsalaasetofenonit voivat olla mukana säätelemässä CASP8-, CCND2-, CHEK1- ja MDM2-geenejä p53-signalointireitistä (hsa04115), ja ne voivat laukaista sytokiinit tehostamaan immuniteettia, mitä seuraa kuolleiden kudosten poistuminen kehosta. Tulehdukselliset sytokiinit, kuten TNF tai IL:t, vaikuttavat synnynnäisiin ja adaptiivisiin immuunivasteisiin. Lisäksi niiden tärkeyttä on havainnollistettu hyväksymällä yksittäisten sytokiinien, kuten IL-6 tai TNF:n, salpauksen synnyttämä patogeneesi [40]. Tässä bentsaaliasetofenonien oletettiin myös moduloivan useita reittejä, kuten NF-kB:n (hsa04064), TNF:n (hsa04668) ja IL-17 (hsa04657) signalointireittiä ja sytokiini-sytokiinireseptorivuorovaikutusta (hsa04060), jotka liittyvät suoraan tulehdukseen. sytokiinit. Tollin kaltaiset reseptorit ilmentyvät yleensä vartiosoluissa (dendriittisoluissa ja makrofageissa) tunnistamaan mikrobiperäisiä rakenteellisesti konservoituneita molekyylejä ja niillä on avainroolisynnynnäinen immuunijärjestelmä. Lisäksi ne rekrytoivat spesifisiä adapterimolekyylejä, aktivoivat transkriptiotekijöitä, kuten NF-kB:tä, ilmoittavat synnynnäisten immuunivasteiden lopputuloksen ja niillä on tärkeä rooli monissa synnynnäisen immuunivasteen osissa patogeenejä vastaan ​​[41]. Tässä bentsalaasetofenonien tunnistettiin säätelevän kolmea proteiinia eli CASP8:aa, CD14:ää ja CD86:a maksullisen reseptorin signalointireitillä. Lisäksi otsan (Fox) transkriptiotekijöiden FoxO-alaperheellä on ratkaiseva rooli solun ja homeostaattisessa toiminnassa.immuunijärjestelmän kannalta tärkeitä solujamukaan lukien T-solut, B-solut, neutrofiilit ja muut ei-lymfoidiset linjat [42]. Lisäksi bentsalaasetofenonit säätelivät FoxO-signalointireittiä (hsa{6}}4068) moduloimalla kolmea proteiinia (CAT, CCND2 ja MDM2) 130 taustaproteiinia vastaan ​​väärällä löydöksellä 0,0137. Samoin estrogeenireseptorien on tunnustettu kehittävän immuunisoluja, minkä jälkeen ne osallistuvat kalvon käynnistämään steroidisignalointiin. Lisäksi ne tuottavat tyypin I interferonia ja myös synnynnäistä sytokiinituotantoa ja kehittävät tai toimivat synnynnäisten immuunisolujen vasteen [43]. Samoin esillä oleva työ osoitti bentsalasetofenonien säätelevän estrogeenin signalointireittiä (hsa04915) kolmen proteiinin eli MMP2:n, PGR:n ja RARA:n moduloimisen kautta, jotka voivat laukaista interferonien ja sytokiinien tuotannon ja auttaa immuunisolujen nopeassa vasteessa. Samoin Wnt-signaalilla on tärkeä rooli useissa biologisissa prosesseissa, mukaan lukien immuunisolujen säätely, joka on hyvin monimuotoista luonnollisten tappajasolujen kehityksessä, T-solujen käynnistyksessä, makrofagien vaikutuksessa kudosten korjaamiseen ja T-solujen tymopoieesiin [44]. Tässä bentsalasetofenonit säätelivät Wnt-signalointireittiä (hsa04310) kolmen proteiinin, kuten CCND2:n, CTNNB1:n ja MMP7:n, moduloimalla, ja ne voivat myötävaikuttaa luonnollisten tappajasolujen, T-solujen ja makrofagien kehittämiseen ja säätelyyn. Samoin NOD:n kaltaiset reseptorit toimivat mikrobien tunnistamisessa, ja isännän puolustusmekanismeja raportoidaan ja ne laukaisevat myös isännän luontaisen immuunivasteen. Lisäksi NOD:n kaltainen reseptoriperhe liittyy isäntä-patogeenivuorovaikutuksiin ja tulehdusvasteisiin [45], joita on säädelty kolmen proteiinin eli CASP8:n, CCL2:n ja CYBA:n moduloimalla.

Bentsalasetofenonien-kohteiden-reittien vuorovaikutuksessa arvioitiin useita koko verkoston parametreja. Kaikkien solmujen keskimääräinen liitettävyys naapureihinsa määritellään "naapuriyhteydellä" [46]. Naapurit määrittelivät tämän muuttujan edellä mainitussa verkossa 63,8 prosentiksi . Lisäksi "keskeisyys" mittaa solmutaajuutta, joka on läsnä lyhimmällä tiellä muiden solmujen välillä. Tämä osoittaa, että solmu toimii siltana verkon solmujen välillä. Tämä auttaa tunnistamaan lyhimmän polun ja riippumattomien solmujen putoamisen taajuuden yhteen [47], jonka havaittiin korreloivan naapurimäärän kanssa yhdellä. Vastaavasti "läheisyyskeskeisyys" vastaa kunkin solmun "läheisyyteen" muihin solmuihin nähden. ja laskee lyhimmän polun solmujen välillä. Tämä auttaa ymmärtämään yksittäisen solmun vaikutuksen tiettyyn verkkoon nopeimmin [47]. Tässä työssä läheisyyskeskeisyyden havaittiin olevan 2 prosentin riippuvainen naapureista.

Uuden viruksen uusien antiviraalisten aineiden tunnistamisen aikana virusten vastaisen ominaisuuden jäljittäminen hyvin tunnistettuun virukseen voisi olla helppoa peliä. Olettaen tämän, tutkimme kiinnostavia bentsalasetofenoneja antiviraalisessa biologisessa spektrissä. Tässä havaittiin, että valituilla bentsalaasetofenoneilla oli antiviraalisia ominaisuuksia adeno-, sytomegalo-, hepatiitti-, herpes-, trakooma-, influenssa-, parainfluenssa-, picorna-, pox-, sarvikuono- ja ihmisen immuunikatovirusta vastaan. Lisäksi GO-analyysi tunnisti myös tartuntatautireittien säätelyn eli ihmisen papilloomavirusinfektion (hsa05165), Kaposin sarkoomaan liittyvän herpesvirusinfektion (hsa05167), viruksen karsinogeneesin (hsa05203), HTLV-I-infektion (hsa05166), HTLV-I-infektion (hsa05166), herpesa simplex5 -infektion (hsa05166) ), ja virusperäinen sydänlihastulehdus (hsa05416), jotka ovat huolissaan KEGG-tietokannan virusinfektiosta. Nämä tulokset saivat meidät edelleen tutkimaan bentsalaasetofenonien todennäköistä antiviraalista ominaisuutta uutta koronavirusta vastaan.

Arvioidaksemme bentsalaasetofenonien todennäköistä antiviraalista vaikutusta SARS-CoV-2 -virukseen, käytimme in silico molekyylitelakointia ja kaikkia atomeja sisältäviä eksplisiittisiä MD-simulaatioita tutkiaksemme ligandien sitoutumisaffiniteettia kolmea uuden koronaviruksen kohdetta, eli 3CLproa, vastaan. PLpro ja piikkiproteiinireseptoria sitova domeeni. Tässä kaikkien bentsalaasetofenonien sitoutumisenergia oli alle −5.0 kcal/mol. Muut yhdisteet olivat vuorovaikutuksessa kaikkien kolmen kohteen kanssa vähintään yhdellä H-sidosvuorovaikutuksella, lukuun ottamatta muutamia, esim. 4-kloorikalkoni (c4), obokhalkolaktoni (c17), 4'-O-metyylibavakalkoni (c22) ja mallotophilippen E ( c31) 3CLpro,2'-hydroksikalkonin (c2), 4-kloorikalkonin (c4), 4- hydroksikalkonin (c5), okaniinin (c7), 2′ ,3,4,4' ,6 kanssa '-pentahydroksikalkoni (c8), kalkoni (c10), ( plus )-tefrosoni (c12), pinokembrinkalkoni (c13), 4'-O-metyylibavakalkoni (c22) ja 2',4'-dihydroksi-6′ - metoksi-3′,5'-dimetyylikalkoni (c43) PLpro:n ja 2'-hydroksikalkonin (c2) kanssa, 4-kloorikalkoni (c4), kalkoni (c10), desmetyyliksaanitumoli (c21), 4 '-O-metyylibavakalkoni (c22), 7- metoksipraekansoni B (c29), mallotophilippen C (c41) ja 2' ,4' -dihydroksi-6' -metoksi-3',5 ′-dimetyylikalkoni (c43) piikkiproteiinilla. Lisäksi nsp5:ssä on 3CLpro:ta, joka pilkkoutuu automaattisesti ja vapauttaa kaikki alavirran replikaasialayksiköt muuttaakseen ubikitiinijärjestelmää, joka vaikuttaa toiminnallisiin proteiineihin [48], joihin obokhalkolaktoni (c17) kohdistui pääasiassa -8,5 kcal/mol sitoutumisenergialla. ei ollut H-sidosvuorovaikutuksia. Koronaviruksen virussykliä säätelevät pp1a:n ja pp1ab:n kautta laukaisevat replikaasiproteiinit, ja sitä prosessoi PLpro [49], jota pääasiassa moduloivat 4-hydroksikordoiini (c30) ja ksantohumol (c38) sitoutumisaffiniteetilla – 8,2 kcal/mol molemmilla ligandeilla. Samoin koronavirus käyttää ACE2:ta porttina päästäkseen isäntäsoluun [50,51], ja abessinoni VI:n (c1) kohteena oli pääasiallisesti se. Nämä tulokset heijastavat useita (samanlaisen luokan) molekyylejä, joita voidaan käyttää kohdistamaan viruksen anatomian eri kohtiin niiden affiniteetin vuoksi useita proteiineja kohtaan "moniyhdiste(t)-multiproteiini(t)" -vuorovaikutusteorian kautta. Yksi esillä olevan tutkimuksen tärkeistä näkökohdista on viruksen sisäänpääsyn estäjien tunnistaminen, jotka kattoivat 7,71 prosenttia tutkittavana olevien bentsalaasetofenonien kokonaismäärästä (kuvio 7). Näin ollen bentsaaliasetofenonien sitoutuminen piikkiproteiinireseptoria sitovaan domeeniin lisättiin piikkiproteiiniksi, ja se on suora avain normaalin solun homeostaasin hieromiseen. Lisäksi yksi tärkeimmistä huomioon otettavista näkökohdista on, että "oikea molekyyli - oikea kohde - oikea kesto" voi irrationaalisena arviona aiheuttaa takyfylaksiaa kohti kiinnostavaa patogeneesiä, mukaan lukien COVID{101}}, joka voitaisiin ratkaista "monikomponentin avulla". -monen proteiinin" vuorovaikutus "yksittäisen yhdisteen ja yhden kohteen" vuorovaikutusteorian sijaan. Lisäksi tämä tutkimus osoitti joidenkin tiettyjen reittien, kuten TNF-, NF-kB- ja IL{105}}-signalointireittien sekä sytokiini-sytokiinireseptorivuorovaikutuksen säätelyn (kuva 17), jotka liittyvät suoraanimmuunijärjestelmän säätelyja myös manipuloida sytokiinimyrskyä.

Kuva 16. C-atomien dynaaminen ristikorrelaatiomatriisi, joka havaitaan bentsalasetofenonien (A, C, E) ja standardilääkkeiden (B, D, F) komplekseissa 3CLpro:n, PLpron japiikkiproteiini, vastaavasti. Positiiviset alueet, jotka ovat väriltään kullanruskeita, edustavat vahvasti korreloituja C-atomien liikkeitä (Cij=1), kun taas negatiivisetsiniset alueet edustavat antikorreloituja liikkeitä (Cij=-1).

Aikaisemmin on tehty useita tutkimuksia homologiamallinnuksen, molekyylitelakoinnin, MD-simulaatioiden ja MM-PBSA-arvioinnin toteuttamiseksi lääkekuljetuksen vaihtelun, proteiinin allosteerisen inhibition tunnistamisen, kiraalisuuden vaikutuksen selektiiviseen entsyymi-inhibitioon sekä peruuttamattoman tilan tutkimiseksi. ja ligandi-proteiini-vuorovaikutusten arviointi [52–56]. Vastaavasti tässä työssä tunnistettujen potentiaalisten lyijyyhdisteiden ja standardimolekyylien molekyylien välisten vuorovaikutusten stabiilius niiden vastaavien kohteen kanssa analysoitiin klassisen MD-simuloinnin avulla 150 ns:n ajan (piikkiproteiini - mallotophilippen D (c42) -kompleksi 200 ns:n ajan). Tulokset paljastivat, että 3'-(3-metyyli-2-butenyyli)-4'-O- -D-glukopyranosyyli-4, 2'-dihydroksikalkoni (c35) vakaa dynamiikka 3CLprolla verrattuna vakiomolekyyliin karmofuriin. Aikaisemmin karmofurin raportoitiin estävän koronaviruksen replikaatiota Vero E6 -soluissa (EC50=24.30 μM) vuorovaikuttamalla 3CLpron Cys145-tähteen kanssa [57]. Vastaavasti tässä tutkimuksessa karmofurin ennustettiin olevan vuorovaikutuksessa Cys145-tähteen kanssa antamalla pisteytysenergiaksi −1,42 kJ/mol, kun taas 3'-(3-metyyli-2-butenyyli)-4 '-O- -D-glukopyranosyyli-4,2'-dihydroksikalkoniyhdisteet saivat −4,24 kJ/mol Cys145:lle. Lisäksi Cys145–His41 ovat 3CLpron kaksi katalyyttistä dyaditähdettä, joilla on tärkeä rooli SARS-CoV-2-polyproteiinien pilkkomisessa [58]. Lisäksi muut tutkimusryhmät raportoivat myös Cys145:n kohdistamisen mahdollisesta roolista uusien viruslääkkeiden suunnittelussa 3CLpro:ta vastaan ​​[59,60]. Mielenkiintoista on, että havaitsimme konservoituneita sitoutumiskohdan vuorovaikutuksia (Thr25, Met49 ja Met165) molemmissa näissä yhdisteissä 150 ns MD-simuloinnin aikana. Samalla tavalla 4-hydroksikordoiini (c30) seulottiin PLpro:n inhibiittorina ja se muodosti stabiilin kompleksin verrattuna standardimolekyyliin GRL-0617. Aikaisemmin GRL-0617:n on raportoitu olevan tehokas PLpro-inhibiittori SARS-CoV-2-infektoituneissa Vero E6 -soluissa, joiden IC50 on 2,1 µM [61, 62]. Tässä tutkimuksessa sekä GRL-0617 että 4-hydroksikordoiini (c30) muodostivat vakaan RMSD:n ja jakoivat yhteisiä vuorovaikutuksia Ile223:n ja Pro248:n kanssa vastaavasti 150 ns:n ja 200 ns:n MD-tuotantoajon ajan, ja molemmat paljastettiin sopiviksi. osumia PLpro-estäjiksi.

Lisäksi aiemmin Bojadzic et ai. raportoitu DRI-C23041 inhiboi piikkiproteiinin RBD-domeenia IC50:llä 0,52 µM [63]. Tässä tutkimuksessa mallotophilippen D (c42) tunnistettiin piikkiproteiinin säätelijäksi ja osoitti parempaa sitoutumisaffiniteettia piikkiproteiinin RBD-domeeniin verrattuna standardimolekyyliin DRI-C23041. MM-PBSA-tulos paljasti, että mallotophilippen D:n (c42) sitoutumisvapaa energia on −34,10 kcal/mol, kun taas DRI-C23041:n mukaan −3,10 kcal/mol, mikä osoitti mallotophilippen D:n (c42) korkeampaa affiniteettia piikkiproteiiniin. . Lisäksi sekä DRI-C23041:n että mallotophilippenD:n (c42) havaittiin olevan vuorovaikutuksessa piikkiproteiinin RBD-domeenin yhteisen Leu368-tähteen kanssa 150 ns:n MD-simuloinnin aikana. PCA:n ja DCCM:n kompleksien tutkiminen osoitti myös, että kalkonit, joissa on 3CLpro-, PLpro- ja piikkiproteiinia, ovat hyvin tasapainossa ja stabiloituneet simulaation aikana, sillä ne vievät suhteellisen paljon vähemmän konformaatiotilaa ja konformaatiota joustavuutta minimaalisella määrällä erilaisia ​​konformaatioita verrattuna standardimolekyyleihin. Nykyaikainen 4-hydroksikordoiini (c30), yhdiste, jolla on korkein lääkkeen kaltaisuuspistemäärä, sääteli 9 proteiinia eli FLT1, CD86, CASP8, RARA, KLK3, PLAT, CTNNB1, HMOX1 ja TOP2A, joissa 6 proteiinia eli CASP8, CTNNB1, TOP2A, CD86, PLAT ja HMOX1 jäljitettiin olevan huolissaan virusinfektiosta. CASP8 koodaa kaspaasia 8; viruspatogeeni, joka kohdistuu CASP8-riippuvaiseen apoptoottiseen soluun ja nekroottiseen solukuolemaan, joka on riippuvainen reseptoriin vuorovaikuttavasta proteiinista (RIP) 1 ja 3. Siksi CASP8-aktiivisuuden hankkiminen suppressoi RIP1:tä ja 3:a vahvistaakseen rooli isännän puolustuksessa solunsisäisiä viruspatogeenejä vastaan ​​[64]. Samoin CTNNB1 koodaa kateniinia -1 ja vastaa interferoniproteiinisynteesistä [65] ja on immuunivasteen tärkein modulaattori. Lisäksi se voi häiritä virusinfektioita [66]. Samoin TOP2A koodaa topoisomeraasi 2:ta ja sen esto indusoi telomeeristä deoksiribonukleiinihappovauriota ja T-solujen toimintahäiriöitä kroonisen virusinfektion aikana [67]. Lisäksi CD86 koodaa T-lymfosyyttien aktivaatioantigeeniä CD86 ja säätelee antiviraalista CD8- ja T-solujen toimintaa ja immuunivalvontaa [68]. PLAT koodaa plasminogeeniaktivaattoria ja myötävaikuttaa haitalliseen keuhkojen tulehdukseen ja paikalliseen fibriinihyytymän muodostumiseen; voivat olla osallisena isännän suojassa influenssavirusinfektioita vastaan ​​[69]. Samoin HMOX1 koodaa hemioksygenaasi 1:tä. Aiemmin SARS-CoV-2 avoimen lukukehyksen 3a proteiinin raportoitiin sitoutuvan ihmisen HMOX1-proteiiniin suurella varmuudella. HMOX1-reitti voi estää verihiutaleiden aggregaatiota ja sillä voi olla muun muassa antitromboottisia ja anti-inflammatorisia ominaisuuksia, jotka kaikki ovat kriittisiä COVID{75}}-potilailla havaittuja sairauksia [70].

Aikaisemmin on osoitettu, että SARS-CoV-2:n genominen RNA voi manipuloida immuunigeenejä ja riistää niiden toiminnan. Lisäksi on huomautettu, että genominen RNA voi laukaista interleukiinivuorovaikutuksia ja voi myös laukaista sytokiinimyrskyn [71]. Lisäksi tutkimuksessa tutkitaan mikroRNA:n (miRNA:n) bittiosaa COVID-infektiossa immuunivasteen tunnistamisen ja hyökkäyksen välttämiseksi. Välittömästi SARS-CoV-2 voi toimia puuvillana tai sienenä, joka imee miRNA:n ja pakottaa immuunijärjestelmän toimintahäiriön. Lisäksi se koodaa miRNA:taan, menee isäntäsoluun ja isännän immuunijärjestelmä tunnistaa sen [72].

Koska bentsalaasetofenoneja (kalkoneja) on raportoitu immuunivasteen manipuloinnissa [11] ja RNA:lla on merkitystä immuunigeenien synteesiin, niiden todennäköistä roolia genomisen RNA:n vuorovaikutusisännän manipuloinnissa on edelleen tutkittava.

5. Päätelmät

Tässä tutkimuksessa tutkittiin useita bentsalaasetofenoneja immuunijärjestelmän tehostajana ja niiden antiviraalisia spektrejä SARS-CoV:tä vastaan-2. Tämä tutkimus raportoi todennäköisistä lyijyistä antiviraalisista aineista, joita ovat abyssinoni VI (c1), isobutriini (c16), obokhalkolaktoni (c17), 4-hydroksikordoiini (c30),3'-(3-metyyli-2-butenyyli). )-4′-O- -D-glukopyranosyyli-4,2′-dihydroksikalkoni (c35), ksantohumoli (c38) ja 4-mallotofilipeeni D (c42) COVIDia vastaan -19 kohdistamalla 3CLpro-, PLpro- ja piikkiproteiiniin. Lisäksi rikastusanalyysi tunnisti säätelyn eri

reittejä, kuten HIF-1, p53, NF-kB, Toll-like reseptori, TNF, FoxO, estrogeeni, Wnt ja IL-17. Lisäksi laukaistiin NOD:n kaltaiset reseptorit ja sytokiini-sytokiinireseptorit, jotka liittyvät suoraan immuunijärjestelmän säätelyyn ja sytokiinimyrskyn manipulointiin. Samoin viruksen ja bakteerin aiheuttamia infektioita ja hormonaalisten sairauksien säätelyn purkamista vastaan ​​laukaistiin useita reittejä, joissa immuunijärjestelmä on pääasiallisesti vaarantunut. Nämä tulokset viittaavat bentsalaasetofenonijohdannaisten terapeuttiseen vaihtoehtoon COVID-tautia vastaan-19. Rajoittaen näihin havaintoihin, huomautamme, että tässä työssä esitetyt havainnot perustuvat prosessorisimulaatioihin, jotka on edelleen validoitava märkälaboratoriokokeellisilla protokollilla.

Viitteet

[1] AR Fehr, S. Perlman, Coronaviruses: yleiskatsaus niiden replikaatioon ja patogeneesiin, Methods Mol. Biol. 1282 (2015) 1–23, https://doi.org/10.1007/978- 1-4939-2438-7_1.

[2] Y. Dong, X. Mo, Y. Hu, X. Qi, F. Jiang, Z. Jiang, S. Tong, Epidemiology of COVID-19 among children in China, Pediatrics 145 (2020), e20200702, https://doi.org/ 10.1542/peds.{7}}.

[3] CJ Andersen, KE Murphy, ML Fernandez, Lihavuuden ja metabolisen oireyhtymän vaikutus immuniteettiin, Adv. Nutr. 7 (2016) 66–75, https://doi.org/10.3945/ an.115.010207.

[4] SG Deeks, BD Walker, Immuunivaste AIDS-virusinfektiolle: hyvä, huono tai molemmat, J. Clin. Sijoittaa. 113 (2004) 808–810, https://doi.org/10.1172/JCI21318.

[5] M. Gendrot, E. Javelle, A. Clerc, H. Savini, B. Pradines, Klorokiini profylaktisena aineena COVIDia vastaan-19, Int. J. Antimicrob. Agents 55 (2020), 105980, https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.105980.

[6] V. Mody, J. Ho, S. Wills, A. Mawri, L. Lawson, MCCJC Ebert, GM Fortin, S. Rayalam, S. Taval, 3-kymotrypsiinin kaltaisen proteaasin (3CLPro) tunnistaminen estäjät mahdollisina anti-SARS-CoV{5}}-aineina, Commun Biol 4 (2021) 93, https://doi.org/10.1038/s42003-020-01577-x.

[7] D. Shin, R. Mukherjee, D. Grewe, D. Bojkova, K. Baek, A. Bhattacharya, L. Schulz, M. Widera, AR Mehdipour, G. Tascher, PP Geurink, A. Wilhelm, GJ van der Heden van Noort, H. Ovaa, S. Müller, KP Knobeloch, K. Rajalingam, BA Schulman, J. Cinatl, G. Hummer, S. Ciesek, I. Dikic, papaiinin kaltainen proteaasi säätelee SARS-CoV:tä{{ 3}} viruksen leviäminen ja synnynnäinen immuniteetti, Nature 587 (2020) 657–662, https://doi.org/10.1038/s41586-020-2601-5.

[8] Y. Huang, C. Yang, XF Xu, W. Xu, SW Liu, SARS-CoV-2-piikkiproteiinin rakenteelliset ja toiminnalliset ominaisuudet: mahdollinen virustorjuntalääkekehitys COVID-19:lle, Acta Pharmacol. Synti. 41 (2020) 1141–1149, https://doi.org/10.1038/s41401-020- 0485-4.

[9] F. Yazdanpanah, MR Hamblin, N. Rezaei, Theimmuunijärjestelmäja COVID-19: ystävä tai vihollinen, Life Sci. 256 (2020), 117900, https://doi.org/10.1016/j. lfs.2020.117900.

[10] Z. Rozmer, P. Perj´esi, Luonnossa esiintyvät kalkonit ja niiden biologiset vaikutukset, Phytochemistry Rev. 15 (2016) 87–120, https://doi.org/10.1007/s11101-014- 9387-8.

[11] JS Lee, SN Bukhari, NM Fauzi, Kalkonijohdannaisten vaikutukset immuunijärjestelmän pelaajiin, Drug Des DevelTher 9 (2015) 4761–4778, https://doi.org/ 10.2147/DDDT.S{{7 }}.

[12] D. Zhou, D. Xie, F. He, B. Song, D. Hu, Puriini- ja bentseenisulfonamidiosan sisältävien uusien kalkonijohdannaisten antiviraaliset ominaisuudet ja vuorovaikutus, Bioorg. Med. Chem. Lett 28 (2018) 2091–2097, https://doi.org/10.1016/j. bmcl.2018.04.042.

[13] X. Tang, S. Su, M. Chen, J. He, R. Xia, T. Guo, Y. Chen, C. Zhang, J. Wang, W. Xue, Uudet kalkonijohdannaiset, jotka sisältävät 1, 2,4-triatsiiniosa: suunnittelu, synteesi, antibakteeriset ja antiviraaliset vaikutukset, RSC Adv. 9 (2019) 6011–6020, https://doi. org/10.1039/C9RA00618D.

[14] Y. Fu, D. Liu, H. Zeng, X. Ren, B. Song, D. Hu, X. Gan, Uudet kalkonijohdannaiset: synteesi, antiviraalinen aktiivisuus ja vaikutusmekanismi, RSC Adv. 10 (2020) 24483–24490, https://doi.org/10.1039/D0RA03684F.

[15] A. Lagunin, S. Ivanov, A. Rudik, D. Filimonov, V. Poroikov, DIGEP-Pred: verkkopalvelu lääkeaineindusoitujen geenien ilmentymisprofiilien in silico ennustamiseen rakennekaavan perusteella, Bioinformatics 29 (2013) 2062–2063, https://doi.org/ 10.1093/bioinformatics/btt322.

[16] CA Lipinski, Lyijy- ja huumeiden kaltaiset yhdisteet: viiden säännön vallankumous, Drug Discov. Tänään Technol. 1 (2004) 337–341, https://doi.org/10.1016/j. ddtec.2004.11.007.